A Bahia possui uma extensão de 1.181 km, faixa marítima de 12 milhas náuticas e uma faixa terrestre com uma superfície de 41.409 Km² que abrange 53 municípios, subdivididos pelo programa em 03 setores: Litoral Norte (subsetores: Litoral Norte I e Litoral Norte II), Salvador/Bahia de Todos os Santos (BTS) e Litoral Sul (subsetores: Baixo Sul, Zona Cacaueira e Extremo Sul).
A estratégia, a política, os planos e projetos para a zona costeira são estudados e implementados pela Secretaria do Meio Ambiente do Estado da Bahia com o objetivo de operacionalizar o Plano Nacional de Gerenciamento Costeiro (PNGC) e o Plano Estadual de Gerenciamento Costeiro (PEGC) de forma integrada, descentralizada e participativa.
No período de 1987 a junho/2007, o GERCO/BA foi instituído como um projeto aprovado pelo MMA, com recursos do Programa Nacional de Meio Ambiente (PNMA I com abrangência em todos os setores e o PNMA II com abrangência apenas no Litoral Norte por causa da expansão das ações de turismo) para ser instrumentalizado através de estudos, capacitação técnica, elaboração de cartografias e aquisição de equipamentos com o objetivo final de institucionalização do Programa GERCO no Estado da Bahia.
Em 14 de março de 2008, foi instituído oficialmente o Programa GERCO/BA através do Decreto Estadual nº. 10.969, ficando a coordenação com a Secretaria do Meio Ambiente do Estado da Bahia (SEMA).